Новости онкологии

8 мая 2020

На Физтехе открылась лаборатория трансляционной геномной биоинформатики

В МФТИ на базе Физтех-школы биологической и медицинской физики открылась лаборатория трансляционной геномной биоинформатики. Здесь будут проводить исследования и разработки в области лечения хронических заболеваний человека и анализа Big data в онкологии.

Транскриптомные данные отражают уровни экспрессии генов в различных тканях. Они связаны со всеми заболеваниями и индивидуальными особенностями организма человека. Сравнение отдельных транскриптомных профилей, например, материала биопсии онкобольных, позволяет предсказать статус ответа для индивидуального больного. Будущее в этой области за теми, кто научится максимально грамотно и полно анализировать Big data в генетике и медицине, извлекая из этого практическую пользу.

Возглавил лабораторию доктор биологических наук Антон Буздин. Партнером стала компания «Онкобокс», которая проводит коммерческие индивидуальные генетические исследования, направленные на помощь врачам в подборе препаратов для лечения рака.

«Лаборатория планирует опубликовать исследования, которые сейчас проводятся в МФТИ, в лучших международных изданиях первого квартиля Q1. Кроме того, на первое место выходит задача сделать лабораторию устойчивой с точки зрения обеспечения грантами, контрактами и заказами на научно-техническую деятельность. Мы уверены, что для современной лаборатории это не менее важно, чем научная и технологическая составляющие», – отметил директор ФБМФ Денис Кузьмин.

Приоритетными направлениями работы будут:

• Использование машинного обучения для создания биомаркеров нового поколения. Лаборатория занимается поиском молекулярных путей, активность которых связана с прогнозом ответа на лечение хронических заболеваний.
• Создание первой системы унификации и сравнения транскриптомных данных. Сегодня существует миллионы накопленных объектов информации по профилям генной экспрессии (транскриптомам). Система, разработку которой ведет лаборатория, позволит сравнить данные, полученные в тысячах разных серий экспериментов. Следующим шагом станет создание универсального гармонизатора транскрипомных данных. Это позволит найти «молекулярных близнецов», «братьев», «кузенов» для профиля генной экспрессии каждого образца и будет иметь важнейшее значение для разработки новых стратегий лечения хронических заболеваний человека.

Работать в лаборатории могут студенты и аспиранты МФТИ и других вузов России и мира. По словам Дениса Кузьмина, главное, чтобы при собеседовании на работу в лабораторию студент показал, что у него есть базовые навыки для работы, трезвое видение своих сильных и слабых сторон и желание изменить мир к лучшему своими разработками.

Источник: mipt.ru