Онкогеномика. Мастер-класс проф. Д.В. Залетаева
Молекулярные маркеры
Прогнозирование течения заболевания
Под неблагоприятным прогнозом развития заболевания подразумевают злокачественность опухоли, ее инвазивность и метастатический потенциал, резистентность к терапии, кратковременность ремиссий и низкую выживаемость. Основная масса злокачественных новообразований имеет спорадический характер. При этом изменения, делающие клетку злокачественной, происходят в геноме одной соматической клетки, и эффективная диагностика мутаций в определенном гене невозможна. Эти изменения не идентичны в одном типе опухоли разных больных, у одного пациента на разных этапах опухолевого процесса.
К наиболее характерным нарушениям в определенном типе опухоли относятся изменения плоидности кариотипа, делеции, дупликации и структурные перестройки определенных районов хромосом, которые выявляются с использованием методов классической и молекулярной цитогенетики, и аномальная экспрессия/инактивация или амплификация определенных генов, определяемые методами ДНК-диагностики.
При раке молочной железы могут использоваться в практике экспрессия и гиперэкспрессия: онкоген RHAMM, циклин CCND1, сиалилтрансферазы ST3Gal III и ST6Gal I, онкоген HER2/neu, стероидная сульфатаза, кадгерин-11, эстрогеновые рецепторы α и β, ген лекарственной резистентности MDR1, фактор роста гепатоцитов HGF и др. Экспрессия нескольких генов может свидетельствовать об относительно благоприятном прогнозе: антиметастатический ген NM23 и ICAM-1. Потеря гетерозиготности (ПГ) по маркерам хромосомы 16(q23.2-q24.2) свидетельствуют о благоприятном прогнозе, а ПГ по короткому плечу хромосомы 17p13.3 имеет неблагоприятный прогноз.
При раке предстательной железы свидетельством неблагоприятного прогноза является гиперэкспрессия орнитин декарбоксилазы, эктопическая экспрессия TSPY (обычно экспрессируется в тестикулах) и отсутствие экспрессии TGF-β.
При неблагоприятном прогнозе НМРЛ определяют гиперэкспрессию циклин-зависимых киназ CDC25A и CDC25B, снижение экспрессии ингибитора клеточного цикла P27 и аллельную потерю гена-супрессора FHIT, тогда как экспрессия тромбоспондина TSP2 ингибирует прогрессию и метастазирование опухоли.
Колоректальные опухоли имеют неблагоприятное течение, если в них обнаружена повышенная экспрессия катепсина В, СD44, P53 и тимидилатсинтетазы, экспрессия генов MRP1 и рецептора витамина D, отсутствие экспрессии P21 или ПГ по маркерам длинного плеча хромосомы 18.
При агрессивно текущих карциномах пищевода и желудка обнаруживается гиперэкспрессия генов ST3, BM-40/SPARK, MET и потеря гетерозиготности по маркерам длинного плеча хромосомы 18.
Маркерами неблагоприятного прогноза рака поджелудочной железы являются гиперэкспрессия транскрипционного фактора Id2, каспазы-1, тимидинфосфорилазы и ПГ по короткому плечу хромосомы 1 и длинному плечу хромосомы 18, где расположены гены DPC1 и DCC1.
Гиперэкспрессия циклина А является маркером неблагоприятного прогноза при раке печени.
Экспрессия кадгерина-6 в карциномах почки коррелирует с низкой выживаемостью.
Экспрессия опухоль-ассоциированного антигена GAGE и гемизиготные делеции длинного плеча хромосомы 10, включая ген-супрессор PTEN, свидетельствуют о неблагоприятном прогнозе глиом.
Гиперэкспрессия гена SPARC обнаружена в высокоинвазивных менингиомах.
Гиперэкспрессия циклина D – маркер агрессивности саркомы мягких тканей конечностей.
Гиперэкспрессия LERK-5 выявлена при агрессивных меланомах.
